คดีหมายเลขดำ อม.39/2558 คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) เป็นโจทก์ ยื่นฟ้อง นพ.สุรพงษ์ สืบวงศ์ลี อายุ 58 ปี อดีต รมว.คลัง สมัยพรรคพลังประชาชน เป็นรัฐบาล เป็นจำเลย ในความผิดฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหน้าที่ หรือละเว้นปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบหรือโดยทุจริต เป็นเหตุให้ผู้หนึ่งผู้ใดได้รับความเสียหาย ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157 จากกรณีเมื่อปี 2551 ระหว่าง นพ.สุรพงษ์ ดำรงตำแหน่ง รมว.คลัง สมัยรัฐบาลของนายสมัคร สุนทรเวช ได้มีการแต่งตั้งประธานและกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการ ธปท. โดยมิชอบ ซึ่งภายหลังมีการร้องเรียนต่อผู้ตรวจการแผ่นดิน ที่ได้วินิจฉัยว่า การคัดเลือกบุคคลที่สมควรได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานกรรมการ และกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ ในคณะกรรมการ ธปท.เป็นการกระทำที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เนื่องจากกรรมการ ในคณะกรรมการคัดเลือกฯ บางคน มีลักษณะต้องห้ามตาม พ.ร.บ.ธนาคารแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2485 แก้ไขเพิ่มเติมโดย พ.ร.บ.ธนาคารแห่งประเทศไทย (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2551 มาตรา 28/1[3]ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองรับฟ้อง

สำนักงานคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน มีมติสั่งฟ้อง นายแพทย์ สุรพงษ์ สืบวงศ์ลี ต่อ คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ กล่าวหาว่า นายแพทย์ สุรพงษ์ สืบวงศ์ลี ฝ่าฝืนมติ คณะรัฐมนตรี และมีพฤติการณ์น่าเชื่อว่า ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ โดยส่งมอบท่อก๊าซธรรมชาติไม่ครบถ้วนตามคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุด ขาดไป 32,000 ล้านบาทเศษ และทำให้รัฐขาดประโยชน์จากค่าเช่าที่พึงได้รับ นอกจากนี้ ยังยื่นคำร้องอันเป็นเท็จต่อศาลปกครองสูงสุดว่าได้ดำเนินการส่งมองท่อก๊าซคืนครบแล้ว โดยไม่รอผลตรวจสอบและรับรองจาก สำนักงานคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินตามมติ คณะรัฐมนตรี ก่อน และไม่เสนอขอความเห็นชอบจาก คณะรัฐมนตรีตาม พระราชบัญญัติ ทุนรัฐวิสาหกิจ พ.ศ. 2542 มาตรา 44 ก่อน[4]

ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองมีคำสั่งจำคุก สุรพงษ์ สืบวงศ์ลี เป็นเวลา 1 ปี ตั้งแต่วันที่ 4 สิงหาคม พ.ศ. 2559 ในความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการ ฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้หนึ่งผู้ใด หรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157[5]ปรับ 2 หมื่นบาทโทษจำคุกรอลงอาญา 1 ปี

ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองมีคำสั่งจำคุก สุรพงษ์ สืบวงศ์ลี เป็นเวลา 1 ปี ไม่รอลงอาญาปรับ 2 หมื่นบาท ตั้งแต่วันที่ 25 สิงหาคม พ.ศ. 2559 ในความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการ ฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้หนึ่งผู้ใด หรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157 กรณีที่มีการอนุมัติแก้ไขสัญญาสัมปทานโครงการดาวเทียมสื่อสารภายในประเทศ (ฉบับที่ 5) เพื่อลดสัดส่วนการถือหุ้นของบริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่น จำกัด (มหาชน) ที่ต้องถือในบริษัท ชิน แซทเทลไลท์ จำกัด (มหาชน) จากไม่น้อยกว่า 51% เป็นไม่น้อยกว่า 40% ของจำนวนหุ้นทั้งหมด โดยทราบดีอยู่แล้วว่า เหตุที่บริษัทขอลดสัดส่วนการถือหุ้น เพื่อต้องการหาพันธมิตรขยายศักยภาพในการแข่งขันให้มีความเข้มแข็งและมีเงินทุนเพียงพอในการดำเนินการโครงการดาวเทียมไอพีสตาร์[6] ได้รับการพักโทษ เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2560

หลังจากการพักโทษ สุรพงษ์เข้าเป็นพิธีกรรายการ "50 คำถาม กับ สุรพงษ์ สืบวงศ์ลี" ทางช่องพีซทีวี และในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2561 ร่วมดำเนินรายการ "สุมหัวคิด" ทางวอยซ์ทีวี ร่วมกับ หม่อมหลวงณัฏฐกรณ์ เทวกุล